Data, un journal scientifique d’un nouveau genre créé par Damien Parrello (Sup’Biotech promo 2010)

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Après son diplôme à Sup’Biotech, Damien Parrello (promo 2010) a choisi de poursuivre sa carrière dans la recherche. En plus de son activité de « chercheur-trouveur » comme il aime à se décrire, cet Ancien a décidé de lancer en décembre 2015 Data, un journal scientifique d’un nouveau genre qui s’intéresse davantage aux résultats non-concluants qu’aux succès. Un positionnement original qui, selon l’intéressé, pourra s’avérer être une aide précieuse, tant pour les scientifiques que pour les industriels.

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Damien Parrello et son épouse, Maud

Quel a été votre parcours depuis l’obtention de votre diplôme ?
Deux mois après l’obtention de mon diplôme, j’ai débuté une thèse en biogeochimie à l’Université de Lorraine au sein du Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), une unité mixte de recherche (UMR 7360). Au cours de celle-ci, j’ai mis au point une méthode d’analyse spectrale multidimensionnelle, la méthode SFS/CP, permettant de modéliser simultanément l’expression de plusieurs gènes en fonction de différents paramètres croisés via l’utilisation de protéines fluorescentes. Cette approche innovante permet de s’astreindre du problème majeur de recouvrement spectral, de révéler les relations multilinéaires entre les composantes du système étudié, mais surtout d’augmenter son efficacité en se nourrissant de la complexité du système (i.e. plus le système est complexe, plus la méthode est puissante). Adaptable à tout type de donnée spectrale, j’ai pu l’appliquer au suivi de l’altération minérale par les bactéries en co-modélisant l’activité génétique bactérienne (spectroscopie de fluorescence synchrone) et l’évolution de la structure des minéraux étudiés (spectroscopie d’absorption).
Suite à cela, en janvier 2015, je suis parti pour les États-Unis, à l’université du Missouri-Columbia, pour travailler dans un domaine où le niveau de complexité nécessite de nouvelles approches : le traitement des eaux usées et les procédés dits « waste-to-energy ». Dans cet environnement, j’ai pu pleinement m’épanouir. J’ai ainsi eu la chance de pouvoir initier et coordonner deux projets scientifiques en ingénierie environnementale : l’un concernant l’étude de l’impact des nanoparticules d’argent sur l’activité génétique/production de biofilm d’une population bactérienne, l’autre portant sur le développement d’une toute nouvelle approche concernant la réduction du CO2 en produits utiles à la société. Premiers résultats en 2016 !

Quand est née l’idée de Data ?
Elle est née il y a presque 7 ans déjà. Au cours de mes études à Sup’Biotech, avec quelques membres de la promotion 2010, puis d’autres promotions au fil du temps, nous avions formé sans vraiment nous en rendre compte un petit groupe de penseurs. C’est au cours de l’un de nos échanges passionnés que cette idée a vu le jour, même si elle ne portait pas encore le nom de « Data ». Nous nous étions rendus compte d’un biais extraordinaire dans la recherche scientifique : la non publication des résultats négatifs, nuls ou non-concluants, les fameux « negative, null and inconclusive results » (NNI) qui permettraient de savoir ce qui a déjà été tenté, et de surtout guider l’intuition scientifique.
À l’époque, nous n’avions pas sérieusement envisagé de nous lancer dans l’édition scientifique et nous en étions malheureusement restés là. Les années passèrent et je gardais toujours l’idée dans un coin de la tête.

Quel a été le déclic ?
Lorsqu’on m’a présenté un rapport datant de mai 2015 du comité d’éthique du CNRS (Comets). D’après ses estimations, « les publications permettent d’accéder à environ 10 % de l’ensemble des données scientifiques produites, le reste restant disponible mais non utilisé sur les disques durs d’ordinateurs. Dans certaines disciplines, des résultats valables et importants restent non publiés et beaucoup de données sont sous-utilisées ou perdues (c’est en particulier le cas des données issues de résultats négatifs qui sont oubliées) ». Après lecture, voyant qu’en 7 ans rien n’avait évolué malgré l’importance du problème, je me suis dit qu’il était temps de faire quelque chose !

Justement : comment pouvait-on avoir accès aux NNI jusqu’à présent ?
Nous ne pouvions tout simplement pas ou alors pour des domaines très particuliers. Je peux vous citer par exemple le Journal of Negative Results in BioMedicine édité par Springer ou encore le Journal of Negative Results (pour l’écologie ou la biologie évolutive). Il y a eu une tentative pour toucher les principaux domaines scientifiques, les All Results Journals, mais il est quasiment inactif. En tout, il n’y a pas eu plus de 10 tentatives. Et malheureusement, tous ces journaux sont très peu actifs, voire fermés. En 2015, un sursaut semble avoir eu lieu. Les importantes maisons d’éditions Elsevier et PLOS ont mis en avant l’importance de la publication des résultats NNI au travers d’articles publiés sur leur blog. Suite à cela, Elsevier a mis en avant le journal New Negatives in Plant Science (concernant l’étude des algues et des plantes supérieures à l’échelle moléculaire) et PLOS a annoncé accepter de publier ce type de résultats au travers d’une collection nommée The Missing Pieces. Cependant, rien de fondamental n’a été apporté pour amener la communauté scientifique à publier ces données et la question demeure : comment dynamiser ce pan entier de la science complètement délaissé ? C’est là la principale innovation que nous apportons.

Quel est l’intérêt de publier ces NNI ?
Les NNI sont cruciaux pour la recherche scientifique et l’avancée des connaissances. Chaque résultat scientifique a son importance, que ce soit pour compléter, améliorer ou renforcer la connaissance scientifique. La non-publication des NNI introduit un biais dans la démarche scientifique. Les résultats réfutant une idée admise trouvent difficilement leur place dans la littérature, ce qui rend la détection des faux positifs particulièrement ardue. Une conséquence grave serait le fourvoiement de tout un domaine scientifique sur plusieurs années. De plus, leur absence dans la littérature engendre d’importantes pertes financières et de temps – les mêmes idées étant testées encore et encore -, ce qui freine l’avancée de la recherche. Les NNI sont une part naturelle et essentielle du processus de réflexion : si ceci ne marche pas, alors faisons cela ; ce sont des supports de la réflexion. Appréhender l’origine d’un savoir scientifique, et les routes qui ont été suivies pour le construire, est une démarche primordiale à sa compréhension.

Avez
-vous un exemple de conséquence grave qu’a pu donner la non-publication de ce type de résultats ?
L’une des conséquences les plus dramatiques concerne la non publication des essais cliniques négatifs. En 1980, John Hampton mène un essai clinique sur la lorcainide, une molécule antiarythmique. Il découvre que la lorcainide a un effet significatif dans la diminution d’arythmie sérieuse par rapport au groupe placebo, mais il découvre aussi que cette dernière augmente la fréquence de décès. Sur les quelques 100 patients de l’essai, la moitié reçut la molécule, l’autre le placebo. 9 patients du groupe test moururent contre 1 du groupe placebo. À la suite de quoi, le développement commercial du médicament a été rapidement stoppé, et les résultats de l’essai n’ont pas été publiés. Cependant, d’autres compagnies ont eu l’idée d’utiliser cette molécule pour diverses prescriptions et elle a fini par être commercialisée massivement. Avant que l’on se rende compte de nouveau de son effet, plus de 100 000 personnes étaient mortes… L’étude a finalement été publiée 13 ans plus tard. Malheureusement, d’autres cas de figures similaires continuent d’être recensés à l’heure actuelle. Ceci est intolérable et la nature de ces conséquences est transposable à tous les domaines scientifiques.



Data est un journal « peer-reviewed ». Que cela signifie-t-il ?
« Peer-reviewed » signifie littéralement « évaluation par les pairs ». Cela signifie donc que les articles soumis sont lus et commentés par des experts (indépendants) des domaines auxquels ils font références. Ces évaluations permettent de s’assurer que la démarche scientifique a bien été respectée et de limiter les erreurs grossières ainsi que les fraudes.

Comment Data se procure ses publications ?
Tout scientifique peut créer un compte sur le site du journal, et par ce biais, nous soumettre un article original. À la suite de quoi, l’article en question subira tout un processus de vérification avec à terme, l’acceptation ou le rejet de celui-ci. Étant tout récent, nous sommes en ce moment en pleine campagne de communication pour révéler notre existence à la communauté scientifique et les innovations que nous apportons pour la publication des NNI. Parallèlement, nous menons également une campagne de sensibilisation car malgré l’importance primordiale de ces résultats, le réflexe de leur publication est quasi inexistant. Pour la médecine, les conséquences sont telles qu’un mouvement, nommé AllTrials, s’est fondé pour interpeller les gouvernements, les régulateurs et les institutions de recherche pour qu’ils mettent en place des mesures concrètes visant à la publication de tous les essais cliniques passés et présents. Data soutient officiellement la campagne AllTrials depuis le 22 décembre 2015.

L’autre innovation apportée par Data, c’est le changement du format des articles scientifiques qu’il compte publier. En quoi consiste-t-il ?
D’ordinaire, on retrouve différentes sections dans un article scientifique « classique » : un abstract qui est un résumé de l’ensemble de l’article, une introduction rigoureuse qui permet de comprendre le contexte de connaissances dans lequel s’inscrit le résultat et d’avoir accès aux références des articles qui définissent ce contexte, une section « matériels & méthodes » qui présente l’ensemble des appareils et techniques par lesquels a été obtenu le résultat présenté, une section « résultats & discussion », parfois divisée en deux parties distinctes, qui présente le résultat en lui-même et le met en perspective par rapport à son contexte d’application, et enfin une conclusion qui revient brièvement sur les résultats et ouvre sur les futures perspectives de recherche.
Ce qu’il faut retenir de ce format, c’est qu’il se focalise sur l’impact du résultat sur l’état des connaissances au moment où celui-ci est présenté et donc sur ce qu’il implique. Le travail rédactionnel pour arriver à un article abouti est très important et demande beaucoup de rigueur.
La première question que je me suis posée quand j’ai décidé de lancer Data, c’est « Comment réussir à faire en sorte que les chercheurs publient effectivement leur NNI ? » Bien que la communauté soit de plus en plus consciente de leur importance, le réflexe de leur publication est quasi inexistant, ce qui peut se comprendre de part ce format traditionnel en aucune façon adapté à la mise en forme des données négatives. Le format idéal pour ce type de résultat se doit d’être centré sur la manière dont a été acquis ce résultat et non sur son implication. Les chercheurs ne pouvaient pas développer ce réflexe si l’exercice consistait au final à faire passer une pièce ronde dans un trou carré. C’est pourquoi j’ai remis en question et entièrement repensé le format de l’article scientifique pour les NNI. Dans ce nouveau format, l’article est complètement axé sur une section « matériels & méthodes » complète et détaillée, visant à une compréhension exhaustive du résultat. De plus, à la manière de l’art du haïku, j’ai fait en sorte de mettre en exergue l’essence de la pensée et de l’intention intellectuelle de par ses sections rédigées que j’ai voulues brèves et concises. Par ce biais, la donnée négative révèle tout son intérêt – et en suscite un – dès la première lecture. Enfin, nous demandons aux auteurs de fournir, en plus de l’article, l’ensemble des données brutes afin que celles-ci puissent être re-traitées par la communauté à l’aide d’outils qui n’étaient pas à la disposition des auteurs.

Vous avez monté ce projet avec votre épouse, Maud. Quels sont vos rôles respectifs ?
Effectivement ! Je m’occupe de tout ce qui est de l’aspect rédactionnel sur le site principal et j’ai bien entendu la charge de l’ensemble du processus d’édition – réception des articles, vérification de la conformité du format, de la validité des informations présentées et de l’absence de fraudes, validation finale. Maud a développé l’ensemble des sites du journal et son blog dans leur totalité – webdesign, charte graphique, etc. Elle a également conçu les logos. Enfin, elle supervise l’ensemble de la communication – réseaux sociaux, communiqués de presse, etc. – et crée les différents supports visuels. Ensemble, nous rédigeons des chroniques pour le blog et décidons des vecteurs de la campagne de communication.

Retrouvez Data sur son site Internet, sur son blog ainsi que sur Facebook et Twitter.

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Posté le 18/01/2016

À propos

Sup’Biotech est une école d’ingénieur spécialisée en Biotechnologies à Paris et à Lyon, proche du monde de la Recherche comme du monde de l’Entreprise, qui propose une formation innovante en 5 ans après le bac. Ce cursus permet aux étudiants d’accéder rapidement à des postes à responsabilités, en France comme à l’International, dans les secteurs très porteurs de la santé et la pharmacie, de l’innovation agroalimentaire, de la cosmétique, de la bio-informatique ou encore de l’environnement. Les études, combinant fondamentaux académiques, projets étudiants et stages en entreprise, sont découpées en deux parties selon la norme européenne : le cycle Bachelor of Biotechnology (3 ans) et le cycle Expertise (2 ans). La formation des ingénieurs en Biotechnologies de Sup’Biotech est labellisée par Medicen Paris Région et Industries and Agro-Ressources (I.A.R.).
Sup’Biotech propose également une filière apprentissage à partir de bac+3, ainsi qu’une formation Bachelor en Biotechnologies, accessible après le bac. Sup’Biotech est un établissement d’enseignement supérieur privé habilité à délivrer le titre d’ingénieur et reconnu par l’État (arrêté du 15/12/14 et B.O du 08/01/15).

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