BIRL

Axes de recherche

Recherche thérapeutique en silico

Cet axe vise à identifier de nouvelles molécules ou combinaisons de médicaments capables d’inhiber la prolifération cellulaire. Le BIRL s’intéresse particulièrement au transfert de connaissances entre cancer et paludisme, deux systèmes biologiques présentant des régulations métaboliques analogues.
Les travaux reposent sur des approches de modélisation moléculaire et de chimie-informatique, combinant la conception de novo de nouvelles classes chimiques et l’exploration de bases de données pour identifier des fragments de molécules actives.

Une seconde approche, à l’interface entre recherche thérapeutique et bioproduction, consiste à contrôler le métabolisme énergétique de la cellule. Le BIRL étudie la bascule respiro-fermentaire — passage d’un métabolisme respiratoire à un métabolisme fermentaire — observée dans les cellules tumorales (effet Warburg) ou dans certains micro-organismes (effet Crabtree).
L’équipe développe des modèles formels de régulation métabolique pour rechercher des combinaisons thérapeutiques capables d’inverser l’effet Warburg. Ce projet est conduit en collaboration avec le Prof. G. Bernot du laboratoire I3S (Université Côte d’Azur, Sophia Antipolis) et un doctorant, R. Khooderam.

Modélisation des transitions métaboliques

Le contrôle du métabolisme cellulaire est au cœur de la recherche thérapeutique et de la bio-production.
Le BIRL construit des modèles formels du métabolisme énergétique en s’appuyant sur le formalisme de R. Thomas et sur les outils de vérification de modèles développés par le Prof. Bernot (I3S). Ces approches permettent d’éliminer les incohérences logiques et d’identifier les combinaisons minimales d’interventions nécessaires pour induire un changement de phénotype cellulaire.
Ce projet est réalisé en collaboration avec G. Bernot (I3S, Sophia Antipolis) et R. Koodheraam (Université des Mascareignes, île Maurice).

Contrôle et analyse des bioprocédés

Le second axe du laboratoire s’intéresse à la dynamique de croissance des populations cellulaires.
À l’échelle d’un bioréacteur ou d’un tissu, le microenvironnement et la disponibilité des nutriments influencent directement la variabilité métabolique et la production de biomasse.
Le projet MAC-BIORE (Modélisation, Automatisme et Contrôle des Bioréacteurs) explore l’influence de la diversité métabolique sur la productivité globale. Ces travaux sont menés en collaboration avec le Prof. I. Boussaada du Laboratoire des Systèmes Complexes de l’IPSA, ainsi qu’avec le L2S et le LGPM de CentraleSupélec.

ANALYSES STATISTIQUES EN OENOLOGIE

Le BIRL étudie également les processus de fermentation du moût de raisin en vin à travers le comportement de la levure Saccharomyces cerevisiae, modèle idéal pour comprendre la bascule respiro-fermentaire.
Ces recherches, menées avec le Prof. R. Marchal (Université de Reims Champagne-Ardenne) et la Dr. O. Arkoun (Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem, Université de Rouen-Normandie), visent à développer des méthodes statistiques pour suivre la qualité des moûts au cours du pressurage et discriminer les fractions pour un assemblage optimal.