SYNAPSE
PLATEFORME DE BIOINFORMATIQUE ET DE GENOMIQUE
La plateforme SYNAPSE de SupBiotech est dédiée au traitement et à l’analyse des données de génomique, en particulier issues du séquençage à haut débit (NGS). Elle met à disposition un serveur informatique de calcul permettant le stockage sécurisé des données, leur traitement bio-informatique et l’exécution de pipelines d’analyse adaptés aux projets de recherche et de formation. Cette infrastructure soutient aussi bien les travaux des enseignants-chercheurs que les projets des élèves, en leur offrant un environnement technique cohérent avec les standards actuels de la recherche en génomique. La plateforme intègre également un séquenceur Nanopore, une technologie de séquençage de l’ADN et de l’ARN en temps réel. Cette technologie est particulièrement adaptée à l’analyse de génomes complexes, à la détection de variants structuraux et aux approches rapides et flexibles de séquençage. L’ensemble fait de SYNAPSE un outil structurant pour les projets académiques et les collaborations externes, à l’interface entre biologie, génomique et sciences des données.
Plateforme Transversale de Recherche
La plateforme SYNAPSE est une infrastructure transversale dédiée à la génomique et à la bioinformatique au sein de SupBiotech. Elle est ouverte à l’ensemble des équipes de recherche de l’école — LRPIA, CELLTECHS, PBS et BIRL — afin de les accompagner dans leurs projets nécessitant des analyses bioinformatiques ou de conduire directement ces analyses lorsque cela est nécessaire. La plateforme met à disposition des capacités de calcul adaptées au traitement des données de séquençage à haut débit (NGS), ainsi qu’un séquenceur Nanopore, permettant la production et l’analyse de données génomiques. SYNAPSE soutient les projets de recherche, les activités pédagogiques et les collaborations scientifiques, et est également ouverte à des partenariats académiques et industriels.
Impacts :
• Pour la recherche : accès à une infrastructure de calcul et de séquençage génomique permettant d’analyser des données NGS et de soutenir les projets scientifiques des équipes de SupBiotech.
• Pour les élèves : formation pratique aux technologies NGS, à l’analyse de données biologiques et au séquençage Nanopore, avec une immersion dans des projets proches des standards de la recherche.
• Pour SupBiotech et ses partenaires : renforcement de l’attractivité et du positionnement de l’école dans les domaines de la génomique, de la bioinformatique et des sciences des données, ainsi que le développement de collaborations académiques et industrielles.
Qu’est-ce que le NGS ?
Le NGS (Next-Generation Sequencing), ou séquençage à haut débit, est une technologie qui permet de lire l’ADN ou l’ARN très rapidement et en très grande quantité. Alors que les anciennes méthodes analysaient une seule petite séquence à la fois, le NGS produit des millions, voire des milliards de fragments de séquences en parallèle. Cette puissance expérimentale génère cependant une quantité massive de données. Chaque expérience peut produire plusieurs gigaoctets, voire des téraoctets d’informations génétiques. Pour reconstruire les génomes, identifier les mutations ou comparer les séquences, il est donc nécessaire d’utiliser des outils informatiques et des capacités de calcul importantes. L’analyse du NGS repose ainsi fortement sur la bioinformatique et sur des infrastructures de calcul capables de traiter, stocker et interpréter ces grands volumes de données.
Séquenceur Nanopore en train de séquencer un génome de bactérie.
Crédit : Plateforme Synapse / Equipe LRPIA
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