Une équipe 100 % IONIS Education Group pour le concours international iGEM 2015 !
Si, les années précédentes, certains étudiants de Sup’Biotech participaient à l’International Genetically Engineered Machine competition (iGEM) avec l’équipe Evry-iGEM, l’édition 2015 les verra concourir sous une autre bannière. En effet, pour la toute première fois dans l’histoire de cette compétition internationale de biologie de synthèse, une équipe 100 % IONIS Education Group participera. Nommée logiquement IONIS iGEM, elle est composée de huit étudiants de Sup’Biotech, de deux étudiants de l’EPITA et d’un étudiant d’e-artsup. Ils sont tous unis pour faire chavirer le célèbre Massachusetts Institute of Technology (MIT) en septembre prochain avec leur projet de jeu vidéo biologique, autour de Matthieu Da Costa (Sup’Biotech promo 2016), chef de projet de cette équipe de choc. Il dévoile ses ambitions.
Pourquoi avoir voulu créer une équipe IONIS cette année ?
Quand j’ai créé le Bio Club, une association qui vise à promouvoir les biotechnologies, mon ambition était déjà de monter une équipe pour l’iGEM. Au fur et à mesure, l’idée a fait son chemin et, quand je suis revenu de mon séjour à Boston avec l’équipe d’Evry pour l’iGEM 2014, je me suis dit qu’on pouvait maintenant lancer cette team IONIS. Avec l’expérience que j’ai pu acquérir lors de ma participation l’an dernier et lors de mes stages, j’ai pensé que j’avais les épaules pour tenir ce projet-là. J’en ai discuté avec Guillaume Mercy (Sup’Biotech promo 2014), un Ancien qui avait participé à l’iGEM 2013, et nous nous sommes décidés à monter cette équipe. Son rôle est celui de l’advisor pour la partie biologie : comme il est actuellement en thèse de biologie synthétique, il est là pour nous donner des conseils sur les stratégies à employer en laboratoire, sur le planning, etc. Toujours en biologie, nous avons aussi un autre advisor : Samuel Juillot (Sup’Biotech promo 2012) qui réalise sa thèse à Fribourg en Allemagne en biologie synthétique et nous apporte son expérience. Pour ce qui est de l’informatique, notre advisor est Pierre Parutto (EPITA promotion 2013), participant de l’iGEM 2012 et ancien advisor de l’équipe Evry-iGEM 2013 et 2014. Enfin, en plus de ces trois soutiens de qualité, nous avons également deux professeurs référents en la personne de Frank Yates et Jean-Yves Trosset, deux enseignants-chercheurs à Sup’Biotech.
Matthieu (au centre, avec le t-shirt noir) et une bonne partie de l’équipe IONIS iGEM
Sur quoi porte votre projet justement ?
Il s’agit d’optogénétique : notre projet vise à contrôler des comportements bactériens par des signaux lumineux. L’idée, c’est donc d’intégrer des bactéries modifiées dans une console de jeu vidéo biologique ! Le joueur pourra visualiser la bactérie, ce petit organisme vivant plus petit qu’une cellule humaine sur un écran d’ordinateur et pourra la contrôler à l’aide d’une manette de jeu. Ce sera, quelque part, la toute première « bio-console » présentée à l’iGEM.
Quel est le principe de ce « jeu biologique » ?
Pour commencer, il faut que nos bactéries soient visibles par le joueur. C’est pour cette raison que nous leur avons ajouté des gênes responsables de la fluorescence. Ensuite, les bactéries sont introduites dans un milieu aqueux où se trouveront toutes les molécules nécessaires pour leur survie pendant la partie… mais aussi des liposomes contenant des toxines destructrices pour les bactéries ! C’est là que repose le gameplay de notre jeu car, une fois que les bactéries seront fluorescentes, nous introduirons le milieu aqueux dans une puce de microfluidique placée préalablement sous un microscope optique relié à l’écran de l’ordinateur. Le milieu aqueux forme alors une sorte de bulle contenant la bactérie contrôlée par le joueur – que nous nommons BACT’Man – ainsi que les toxines emprisonnées dans une vésicule. Le but du jeu est simple : permettre à BACT’Man de survivre le plus longtemps possible en l’empêchant de rentrer en contact avec les lasers virtuels qui apparaîtront de plus en plus vite au fur et à mesure de la partie !
Comment vous est venue cette idée ?
C’est arrivé lors d’un week-end de brainstorming que nous avons organisé. Nous cherchions une bonne idée et, finalement, nous sommes tombés d’accord sur le fait de nous lancer sur un projet « fun ». Pour autant, « fun » ne veut pas dire facile ! En effet, le travail que nous réalisons en optogénétique pour ce projet pourra ensuite être réutilisé pour des applications plus sérieuses comme l’étude d’interaction protéique.
En parlant d’application, l’autre facette du projet de l’équipe IONIS iGEM concerne les smartphones.
Oui. La seconde approche de notre projet est la mise en place d’une application mobile sous forme de jeux présentant quelques concepts fondamentaux de la biologie, de la biologie de synthèse ainsi que des pratiques de sécurité en laboratoire ou en manipulant des organismes issus de la biologie de synthèse ! Le but est de vulgariser un maximum cette science pour le grand public et, plus particulièrement, les jeunes pour leur donner envie de s’y intéresser.
Quel sera le rôle des étudiants de Sup’Biotech, de l’EPITA et d’e-artsup appartenant à l’équipe ?
Les étudiants de l’EPITA étant des informaticiens purs et durs, ils mettent notamment en place l’application mobile en développant l’interface et s’occupent aussi de la modélisation du jeu vidéo – il s’agit principalement d’équations mathématiques et de code – ainsi que de la programmation liée à la manette de la console. L’étudiant d’e-artsup a pour mission de faire les vidéos et tous les designs pour notre communication – plaquettes, poster, flyers, dossiers de sponsoring, etc. – mais aussi pour l’application mobile. Il est assisté d’une étudiante de Paris-Descartes qui, quant à elle, s’occupe de réaliser des illustrations.
Enfin, les étudiants de Sup’Biotech se répartissent en trois groupes. Il y en a qui s’occupent de la bio-informatique pour accompagner les EPITéens dans la modalisation. D’autres sont en charge de la partie purement biologique en laboratoire pour faire toutes les constructions génétiques du projet. Enfin, les derniers gèrent tout ce qui est sponsoring et communication, quelque chose de très important et qui nous avait manqué lors de l’iGEM 2014. L’avantage de notre équipe est donc le fait qu’elle soit pluridisciplinaire. C’est un vrai atout : chacun se concentre sur ce qu’il sait faire.
Suivez l’équipe IONIS iGEM sur Facebook, Twitter et Youtube.
Retrouvez les interviews de Pascal Charleton (e-artsup promo 2016) et Goulwen Mintec (EPITA promo 2016), membres de l’équipe IONIS iGEM
Crowdfunding : l’équipe IONIS iGEM a besoin de vous !
Afin de concrétiser ses idées, de réaliser son projet dans son ensemble et de participer à la compétition iGEM, l’équipe IONIS iGEM a besoin d’obtenir une aide financière. Si son budget prévisionnel est d’environ 30 000 euros pour financer ses recherches en laboratoire, son inscription au concours ainsi que celle de chacun des membres, l’équipe lance une campagne de crowdfunding cherchant à réunir 3 000 euros sur la plateforme Kickstarter afin de financer une partie de cette belle aventure. Soutenez-les en rejoignant leur communauté de donateurs ou en partageant leur campagne sur les réseaux sociaux !