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Le laboratoire de recherche Bio-Information

Le Bio-Information Research Laboratory est le laboratoire de recherche en biologie numérique et chimie computationnelle de Sup’Biotech. Nous y développons des outils informatiques « appelés in silico » destinés à simuler les processus moléculaires et cellulaires grâce à la chimie informatique, la modélisation moléculaire et la biologie théorique des systèmes.

Contrôle de la dynamique de croissance des cellules

L’objectif principal du laboratoire consiste à développer des modèles in silico pour comprendre et contrôler la dynamique de croissance des cellules. Nous utilisons des techniques de chimie informatique et de modélisation moléculaire pour la recherche de petites molécules thérapeutiques (cancer, paludisme) et des méthodes formelles pour étudier la synergie des actions thérapeutiques. Nous développons en particulier des modèles formels de la régulation du métabolisme énergétique de la cellule dans le but de contrôler les transitions métaboliques que l’on observe dans les cellules humaines (tumeur, cellules immunitaires) et dans les micro-organismes à métabolisme facultatif (ex : levure Saccharomyces Cerevisiae). Le contrôle de ces transitions permet par exemple d’inverser le métabolisme fermentaire d’une tumeur vers un métabolisme respiratoire ou d’optimiser la production de molécules à haute valeur ajoutée au sein de milieux contrôlés tels que les bioréacteurs.

Cet axe de recherche est développé en collaboration avec le laboratoire I3S de l’Université Côte d’Azur à Sophia Antipolis et du laboratoire Dynamique des Systèmes Complexes de l'IPSA, l’école d’ingénieur en aéronautique et spatial de IONIS Education Group.

Développer des outils informatiques in silico

Le BIRL développe :

  • Des outils de chimie-informatique pour la recherche de molécules thérapeutiques,
  • Des modèles formels sur le métabolisme énergétique cellulaire pour des applications en recherche thérapeutique et en agro-alimentaire.
  • Des outils mathématiques et statistiques, associés à l’analyse des séries temporelles, un pilier fondamental dans l’étude de la dynamique des systèmes.
  • Des nouvelles implémentations de la théorie du contrôle pour l’optimisation de la production de molécules à haute valeur ajoutée par les microorganismes.

laboratoire birl école biotechnologies

Le développement de ces plateformes in silico a pour but de promouvoir la synergie entre le savoir-faire industriel et le développement d’outils technologiques spécifiques à la recherche académique. Les applications concrètes de notre travail sont la découverte de nouveaux médicaments (antipaludiques, traitement contre le cancer…) ou le développement d’organismes utilisables dans les secteurs les plus porteurs de la biotechnologie (fermentation, biocarburants…)

Chaque année, le BIRL accueil en stage des étudiants de Sup’Biotech intéressés à découvrir les outils in silico aidant l’innovation dans le domaine des biotechnologies.

L'Equipe

Jean Yves Trosset

Dr. Jean-Yves TROSSET
Enseignant-Chercheur
Responsable du Laboratoire de Recherche en Bio-Informatique (BIRL)


Ouerdia Arkoun

Dr. Ouerdia ARKOUN
Enseignante-Chercheuse au Laboratoire de Recherche en Bio-Informatique (BIRL) - Biostatistiques
Chercheuse associée au LMRS (Université de Rouen)
Coordinatrice de l’enseignement numérique

Nos autres laboratoires de recherche

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